1956年3月，衛(wèi)生部發(fā)文同意成立江蘇省祖國醫(yī)學研究所，為我院發(fā)展的前身，首任所長為著名中醫(yī)藥學家、學部委員（院士）葉桔泉教授。歷經(jīng)半個多世紀的歲月滄桑，江蘇省中醫(yī)藥研究院、江蘇省中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)院成為中國中醫(yī)科學院地方分院，是專業(yè)從事中醫(yī)藥研究的省屬公益類科研機構(gòu)、三級甲等綜合性中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)院、南京中醫(yī)藥大學第三臨床醫(yī)學院、全國重點中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)院，也是國家藥物臨床試驗機構(gòu)、國家住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地。
目前醫(yī)院開放床位778張，設有16個一級專科，32個二級?？?。擁有國家藥物臨床試驗機構(gòu)15個專業(yè)及I期臨床試驗研究室。消化科為國家衛(wèi)生部臨床重點?？平ㄔO項目、國家中醫(yī)藥管理局「十二五」重點專科建設項目；骨傷科、心血管科為國家中醫(yī)藥管理局「十一五」重點?？疲恢匕Y醫(yī)學科為國家中醫(yī)藥管理局「十二五」重點?？婆嘤椖?；心內(nèi)科、婦產(chǎn)科、呼吸科、消化科、腫瘤科、內(nèi)分泌科、普外科、兒科、腎科、老年科、神經(jīng)內(nèi)科為江蘇省中醫(yī)重點?？?。
