南京紫金醫(yī)院是由第二軍醫(yī)大學南京軍醫(yī)學院(原海軍醫(yī)學高等?？茖W院)航潛教研室、高壓氧實驗室組合成立的腦血管病康復中心(1987)發(fā)展而來，1993年經(jīng)南京市衛(wèi)生局批準更名為 南京紫金醫(yī)院 。
醫(yī)院建院三十余年來，主要從事腦復蘇、脊髓損傷和各種缺血缺氧引起疾病的研究和治療康復工作。醫(yī)院現(xiàn)為國家自然科學基金重點國際合作項目《關于意識障礙臨床證據(jù)的后部皮層意識相關性研究》臨床基地，連續(xù)3次評為南京市康復重點?？?，是多家醫(yī)學高等院校的實習基地。
醫(yī)院目前在南京秦淮區(qū)、江寧區(qū)各設一個院區(qū)，共設計床位300余張，目前實際開放床位約240張，擁有兩個重癥監(jiān)護室合計近30張床位，開放兩臺大型多人高壓氧艙和3臺單人氧艙。
醫(yī)院堅持將學術研究放在發(fā)展的關鍵位置，于1996年首次組織國內(nèi)專家制訂了中國·南京持續(xù)植物狀態(tài)診斷評分量表，后又兩次發(fā)起修訂，使該評分標準被廣泛應用于植物狀態(tài)患者的臨床治療。醫(yī)院還連續(xù)承辦多次腦復蘇與康復高峰論壇、高壓氧醫(yī)學學術會議，參與編寫出版了《昏迷與植物狀態(tài)診斷治療學》等多部專著。
醫(yī)院于2002年被納入南京市醫(yī)保定點單位，是南京市首批納入醫(yī)保的民營醫(yī)院之一。 醫(yī)院與江蘇省人民醫(yī)院康復醫(yī)學科、南京鼓樓醫(yī)院神經(jīng)外科、杭州師范大學國際植物狀態(tài)和意識科學研究所等建立學術科研合作關系；與南京腦科醫(yī)院、南醫(yī)大附屬逸夫醫(yī)院等醫(yī)療機構(gòu)組成醫(yī)聯(lián)體，方便患者雙向轉(zhuǎn)診。
